集体土地使用证在土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门办理。
根据《土地管理法实施条例》的规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。
《土地管理法实施条例》第四条第二款、第三款
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。
