企业可以代扣子女抚养费，但是应当在人民法院已经采取了强制性的措施，直接通知企业协助执行的情况下才可以。
法律上规定，用人单位可以协助执行法院的的裁判代扣被执行者应该负担的抚养费。
用人单位按照法律规定的标准代扣子女抚养费，协助执行法院的裁定，是依法履行自己的责任，属于完全合法的行为。
根据《最高人民法院关于适用婚姻家庭编的解释（一)》第六十一条规定，对拒不履行或者妨害他人履行生效判决、裁定、调解书中有关子女抚养义务的当事人或者其他人，人民法院可以依照民事诉讼法第一百一十一条的规定采取强制措施。
《最高人民法院关于适用婚姻家庭编的解释（一)》第六十一条
对拒不履行或者妨害他人履行生效判决、裁定、调解书中有关子女抚养义务的当事人或者其他人，人民法院可依照民事诉讼法第一百一十一条的规定采取强制措施。
