医疗纠纷一般是由卫生行政部门负责调解。我国法律规定：双方当事人不愿协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，可以向卫生行政部门提出调解申请，经过卫生行政部门的调解达成一致的，应当制作调解协议书。
《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
