建设工程施工合同纠纷协议协议管辖但是不能违反专属管辖规定，建设工程施工合同纠纷由不动产所在地人民法院管辖。
根据《民事诉讼法》第三十三条第一项的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款规定，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。
《民事诉讼法》第三十三条
下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款
农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。
