商铺使用权40年到期后，可以申请续期。续期的方式为签订土地出让合同，缴纳土地出让使用金，同时办理土地使用权登记。
《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十条规定，土地使用权期满，土地使用权及其地上建筑物、其他附属物所有权由国家无偿取得。土地使用者应当交还土地使用证，并依照规定办理注销登记。
那么同时第四十一条也规定了，土地使用权期满，土地使用者可以申请续期。需要续期的，应当依照本条例第二章的规定重新签订合同，支付土地使用权出让金，并办理登记。
《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十条
土地使用权期满，土地使用权及其地上建筑物、其他附着物所有权由国家无偿取得。土地使用者应当交还土地使用证，并依照规定办理注销登记。
第四十一条
土地使用权期满，土地使用者可以申请续期。需要续期的，应当依照本条例第二章的规定重新签订合同，支付土地使用权出让金，并办理登记。
