强奸案证据不足的处理方法如下：1、公安机关在侦查阶段证据不足的，可以依法进行补充侦查；2、检察机关收到公安机关移送的材料后，认为强奸案件证据不足的，可以责令公安机关补充侦查，补充侦查后证据仍然不足的，可以作出不起诉的决定
根据《刑事诉讼法》第一百七十五条规定，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查
《刑事诉讼法》第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕
补充侦查以二次为限
补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定
