运输合同纠纷的处理方式有以下四种：1、协商；2、调解；3、仲裁；4、诉讼
如果可以协商，由双方当事人按照协议内容处理
托运人对其与承运人存在运输合同关系，以及货物在运输过程中发生毁损、灭失承担举证责任
《中华人民共和国民法典》第八百零九条规定，运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同
第八百一十条规定，从事公共运输的承运人不得拒绝旅客、托运人通常、合理的运输要求
《中华人民共和国民法典》第八百零九条运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同
第八百一十条从事公共运输的承运人不得拒绝旅客、托运人通常、合理的运输要求
