员工长期旷工达三个月以上，电话通知多次，员工不到公司办理离职手续，公司如何解除其劳动关系？

1、劳动法对员工旷工是没有处理依据的，如果因旷工造成了用人单位损失的，可以要求赔偿的。
2、《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
3、经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

目前来说，法律只是规定了劳动关系解除的法定情形，但除了劳动合同法中针对劳动者不胜任工作以及客观情况发生重大变化等情形下解除劳动合同明确规定要提前三十日以书面形式通知劳动者外，对于其他情形的劳动关系解除形式，法律并未作出限制性规定，换言之，只要法定情形出现，解除权方向相对方作出解除意思表示，劳动关系即告解除，履行书面手续并非必要。
根据劳动法的相关规定，用人单位违反本法规定未向劳动者出具解除或终止劳动合同的书面证明，由劳动行政部门责令改正，倘若给劳动者造成损害的，则应当承担赔偿责任，此条规定说明了出具解除或终止合同证明，实为用人单位为保障劳动者的失业救济权以及再就业权而应负的后合同义务，同时也说明，用人单位不履行书面解除义务，将导致行政责任或赔偿责任，但不影响劳动关系解除的效力。
劳动关系起止时间的认定，其意义不仅在于确认劳动关系的存续期间，而且还涉及劳动关系项下的实体权利义务和利益问题，如果主观上劳动关系双方已无履行劳动关系的意愿，客观上双方也无履行劳动关系的行为，这种情形下再认定劳动关系存续对用人单位来说是不公平的，不符合权利义务对等的法律原则。

自动离职是不能申领失业金的，但是如果旷工三天，被用人单位解除合同的，可以领失业金《失业保险条例》第十四条具备下列条件的失业人员，可以领取失业保险金：
（一）按照规定参加失业保险，所在单位和本人已按照规定履行缴费义务满1年的；
（二）非因本人意愿中断就业的；
（三）已办理失业登记，并有求职要求的。失业人员在领取失业保险金期间，按照规定同时享受其他失业保险待遇。