公司要进行罚款，从工资中扣发，要扣5000元，我的实际工资为2500元，请问在发当月工资的时候是全部扣除吗

用人单位的工人发生工伤，用人单位扣工人集体工资作为赔偿，是违法的，用人单位的行为属于一种克扣工资的行为，对于用人单位无故克扣工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报或者申请劳动仲裁。
1、劳动者可以到当地人力资源和社会保障局劳动监察投诉；
2、可以到当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付工资。
如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。

只有每月加班不得超过36小时的规定，但没有超过后如何处罚用人单位的规定。所以，超过的时间，你有权拒绝加班。 　　根据《劳动法》第41条规定，用人单位延长工作时间（即加班），应与劳动者协商。
既然是协商，当然就应该就加班时间和加班报酬协商一致，否则就是强迫劳动。 　　只有四种情况不得拒绝加班：发生自然灾害、事故或因其他原因，使人民的安全健康和国家资财遭到严重威胁，需要紧急处理；生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，须及时抢修；须利用法定节日或公休假日的停产期间进行设备检修、保养；为完成国防紧急任务，或完成上级在国家计划外安排的其他紧急生产任务，以及商业、供销企业在旺季完成收购、运输、加工农副产品紧急任务。
　　除了这4种情况外，单位要求员工加班，必须与员工协商。单位采取不正当手段要求员工加班，员工可以拒绝。虽然在上述4种情况下，员工不得拒绝加班，但单位还是应该支付加班工资，加班工资必须按照劳动法第44条规定的标准支付。
拖欠或克扣劳动报酬或加班工资的，可以按《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第3条或《劳动合同法》第85条规定解决。不同的是前者可以直接主张，后者需要劳动部门责令后仍不支付才能主张。

用人单位是否可以扣发劳动者的工资，要视具体情况而定。　　我国劳动法第50条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。这一规定是对劳动者工资报酬权的法律保护。所谓“克扣”，是指用人单位无正当理由，扣减劳动者的应得工资。用人单位克扣劳动者工资的行为，有两方面的标准，一是看劳动者是否提供了正常的劳动;二是看用人单位是否有正当的理由。如果劳动者按照劳动合同的约定，提供了无过错的正常劳动，而用人单位又不具有扣除工资的法定理由的，就属于克扣劳动者工资。克扣劳动者工资的行为是违法行为，是对劳动者工资权的侵犯。　　劳动部发布的《工资暂行规定》第15条规定，用人单位不得克扣劳动者工资，有下列情形之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
(1)用人单位代扣代缴的劳动者个人所得税;　　
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项保险费用;　　
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;　　
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　该规定第16条还规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%.若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。上述代扣劳动者工资的情况，不得视为克扣工资。　　此外，根据劳动部的有关规定，下列减发工资的情况也不得视为克扣工资：　　
(1)国家法律、法规中有明确规定的;　　
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;　　
(3)用人单位依法制定并经职工代表大会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;　　
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的，但支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准;　　
(5)因劳动者请假等原因相应减发工资。