毕业生就业协议，公司在里面加入了一句话：甲乙双方，任意一方违约，将赔偿违约金1000元。  那到时候我辞职，公司会扣1000吗？

首先说一下违约金的问题，根据法律规定，劳动者辞职需要支付违约金的情况有两种，第一种是服务期，就是说用人单位为劳动者提供专项培训费用，对起进行专业技术培训的，可以约定违约金。就是说双方协商后，如果你违反服务期约定的，需要支付给公司违约金。
那第二种情况就是保密义务和竞业限制，就是说用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除劳动合同后，在竞业限制内给予劳动者经济补偿。
劳动者违反这个约定的可以支付单位违约金。

法定违约金与约定违约金数额的确定和适用：
一、法定违约金 合同对违约金作了原则性规定，且有关条例规定了违约金比例，适用法定违约金。在此情况下，由于合同的内容、违约的性质、程度的不同，确定违约金的方法与数额也有所不同。
第一，有关条例明确规定了违约金比例的，即可以按照该比例直接计算出违约金的数额。第二，有关法规只规定了违约金一定比例范围。这需要通过受理案件的人民法院或合同仲裁机关确定一定的比率，才能计算出违约金的数额。
一般来讲，不履行或不完全履行合同的法定违约金为一定的比例范围。
二、约定违约金 由于约定违约金的比例法律无明文规定，因此在实践处理中也不一致。有的认为约定违约金的数额不能超过法定违约金，超过的就是无效，但实际中也常常遇到约定违约金过高的问题。
究竟应如何确定约定违约金的比例或数额？下面从几个方面谈谈笔者看法。约定违约金的最高限额为违约部分的货款或酬金的总额，这里既包括不履行或不完全履行合同的违约金，也包括延期履行合同的各种违约金。
从法律上讲，《民法通则》第122条第2项规定，当事人可以在合同中约定，一方违反合同时，向另一方支付一定数额的违约金。该法条对约定违约金的数额未作限制，允许当事人用约定违约金来弥补某些法定违约金过低的缺陷。
法律规定当事人通过协商，在法定违约金之上议定约定违约金是完全必要的。通过较高的约定违约金可以起到预防违约的积极作用。但这样的约定也不是无限制的，根据《民法通则》的公平原则和诚实信用原则，以及司法实践中的惯例，将约定违约金的数额限制在违约部分的货款总额或酬金总额之下较为适宜。
但如果有关条例对违约金数额有特别规定的，应按特别规定办。

签订毕业生就业协议之后违约怎么办

就业协议签订后，若学生或用人单位违约，由责任方按就业协议规定承担违约责任，若学生和用人单位经协商解除协议，应签署解除协议文件，交学校就业办备案。
签订就业协议执行程序为：学生和用人单位达成就业协议，双方在就业协议书上签字、盖章，签字盖章后协议即生效，用人单位应在与学生签订就业协议书起的十五天内，把就业协议书送至学校进行鉴证。
学校对就业协议书鉴证登记，并在十五天内，反馈给当事人，并将就业协议列入就业方案上报市高校就业指导中心。