公司员工自行离职，公司扣发其三个月的绩效考核奖金，离职当月的社保由其个人承担，是否合法

员工离职通常分为以下几种类型：自请辞职、解雇离职、符合劳动合同终止情形离职，如退休、劳动合同到期不再续签、员工失踪或死亡等。　　
1、自请辞职：　　根据《劳动合同法》第三十六条、第三十七条的有关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同，但劳动者需提前三十日以书面形式通知用人单位，在试用期内的，需提前三日通知用人单位。因此，对于自请辞职者，应注意审查其是否在法律规定的时间内提出，同时，要求其填写《离职申请单》，经用人单位同意后可办理离职手续。这里，应特别注意的是，员工在职期间造成用人单位损失需要赔偿的，应在员工离职时一并结清赔付事项。　　
2、解雇离职或者自动离职：　　员工违反《劳动合同法》第三十九条有关规定的，用人单位可以单方解除劳动合同。第四十三条规定了用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。　　符合《劳动合同法》第三十九条规定的六种情形而被用人单位给予解雇处分的，用人单位应首先知会工会，工会同意解雇处分的，由人事部门制作《员工奖惩公告》，在单位范围内有效公告。在公告生效之日起，人事部门制作《员工奖惩通知》，并向员工本人送达，员工凭该通知直接办理离职交接手续。　　员工未经任何离职申请不告而别的情形，类似的还有严重违纪违规应予解雇处分之员工不告而别的、或员工未依照规定时间提出离职申请自行不告而别的，这些员工不告而别时间达到一定合理期限、符合用人单位规章制度中规定的解雇情形的，可视为其“严重违反规章制度”，由人事部门知会工会，经工会同意后，发布《员工奖惩公告》，自《员工奖惩公告》生效之日起，双方劳动关系解除。与此同时，用人单位应在合理期限内以《解除劳动合同通知书》的形式催告该员工办理工作交接手续。经催告后逾期仍未前来办理的，视为该员工放弃其所有权利。因此给用人单位造成损失的，用人单位有权要求赔偿。　　
3、符合劳动合同终止情形离职：　　员工符合《劳动合同法》第四十四条规定的劳动合同终止情形的，在终止情形届满前30日内，用人单位人事部门应出具《劳动合同终止通知书》并向员工本人送达，员工凭《劳动合同终止通知书》方可办理离职手续。员工因故失踪或死亡的，劳动合同终止之离职交接手续由其部门主管凭《劳动合同终止通知书》办理。

辞职之后社保怎么办：
1、养老保险，有个人账户，身份证号就是帐号，辞职后可以有三种处理方式：一是停止交费，形成缴费年限中断，个人账户积累停止，但只要时间不长对今后影响不大；二是由个人全额缴纳，即不中断缴费把过去连同企业缴纳的部分一并自己缴纳，但这样个人负担较重不太合算；三是如果到外地谋职可以办理保险转移手续，到新的就业地区。不管哪种方法，找到新的工作单位都可以续上，在你退休前永远不会作废。
2、医疗保险，也有个人账户，辞职后处理方法基本同养老保险，个人账户里的钱可以在当地继续使用，但目前暂不能转移，国家已经出台了有关转移办法，今年7月1日起可以实施。
3、工伤保险、失业保险、生育保险都没有个人账户，辞职后保险自动解除，但失业保险只要缴费满一年，不是个人原因造成的失业，就可以领取失业保险金。

企业用人单位可以根据绩效考评给予劳动者奖励或者扣除工资，但是不能随意扣除和随意奖励。绩效工资是根据完成的数量和质量作为达标的要求，两者符合自然奖励，反之则扣除。这是有一定标准的，不能够随意定制。
公司扣员工绩效的，员工可以与公司进行协商，协商不成，收集证据，申请劳动仲裁部门直接提出仲裁，要求用人单位支付所扣的工资；不满仲裁结果，再进行起诉。