公司在支付3个月的经济补偿中扣除本人至2009年至离职前的个人所得税？是否合理。另外重庆市扣除工资个人所得税的具体算法是什么？

在计算应纳税所得额时，下列支出不得扣除：　　
1、资本性支出。是指纳税人购置、建造固定资产，以及对外投资的支出。企业的资本性支出，不得直接在税前扣除，应以提取折旧的方式逐步摊销。　　
2、无形资产受让、开发支出。是指纳税人购置无形资产以及自行开发无形资产的各项费用支出。无形资产受让、开发支出也不得直接扣除，应在其受益期内分期摊销。　　
3、资产减值准备。固定资产、无形资产计提的减值准备，不允许在税前扣除;其他资产计提的减值准备，在转化为实质性损失之前，不允许在税前扣除。　　
4、违法经营的罚款和被没收财物的损失。纳税人违反国家法律。法规和规章，被有关部门处以的罚款以及被没收财物的损失，不得扣除。　　
5、各项税收的滞纳金、罚金和罚款。纳税人违反国家税收法规，被税务部门处以的滞纳金和罚款、司法部门处以的罚金，以及上述以外的各项罚款，不得在税前扣除。　　
6、自然灾害或者意外事故损失有赔偿的部分。纳税人遭受自然灾害或者意外事故，保险公司给予赔偿的部分，不得在税前扣除。　　
7、超过国家允许扣除的公益、救济性捐赠，以及非公益、救济性捐赠。纳税人用于非公益、救济性捐赠，以及超过年度利润总额12%的部分的捐赠，不允许扣除。　　
8、各种赞助支出。　　
9、与取得收入无关的其他各项支出。

用人单位解除与劳动者的劳动关系（或者说辞退、开除）分以下三种情况，可以对照下属于哪种情况，应该支付经济补偿或赔偿而没有支付给的，可以在1年内申请劳动仲裁维护自己的合法权益：

1、用人单位与劳动者解除劳动关系，没有任何合法理由，也没有支付经济补偿，劳动者不存在《劳动合同法》39条规定的情形，可以认定该用人单位行为属于《劳动合同法》87条规定的违法解除劳动合同情形，应该支付赔偿金，即每工作一年支付2个月的本人工资，俗称2N；

2、用人单位依据《劳动合同法实施条例》第19条规定情形与劳动者解除劳动关系的，其中符合《劳动合同法》46条规定的，应该支付你经济补偿金，即每工作一年支付一个月本人工资，N；符合《劳动合同法》第40条，并且没有提前1个月通知劳动者的还应多支付1个月工资作为代通知金，俗称N+1；

3、如果劳动者存在《劳动合同法》39条的规定的情况，用人单位提出解除劳动关系的，不需要支付任何经济补偿，也不需要提前通知；但是，这需要用人单位举证并且书面通知劳动者解除劳动关系。

在一般的情况下，将工资、薪金所得和劳务报酬所得分别申报纳税有利于节省税收。
工资和薪金所得的筹划方法具有一定的局限性，即纳税人必须确实处于税收法规界定的特殊困难之中，没有出现税法规定的这些特殊困难，这种筹划就失去了存在的基础。
其次，这种筹划需要按照税法规定的步骤进行。没有纳税人的申请，税务机关是不会特意上门帮助解决的，因而提出申请是必要的，不提出申请或未经税务机关的核准就自行延期纳税，可能的后果就是遭受税务机关的严厉处罚。
最后，纳税人要能清楚地计算出自身的个人所得税的各种计算方法，并能依此计算出应纳税所得额，权衡税负的大小，创造一定的相互转化条件，才能确保筹划成功。