我和丈夫感情不合，已经分居快两年了，我已经跟他提出离婚，不知道怎么来操作，我想协议离婚，但是房子，还有孩子的抚养费怎么来处理。

关于孩子的抚养权，双方可以首先就抚养权归属进行协商，协商不成起诉的，两岁以下婴幼儿的，一般归女方抚养，除非女方确实无抚养能力，或者确实不适宜抚养孩子的情况，譬如吸毒、服刑等等。　　孩子的抚养权，双方可以就孩子的抚养权归属做协商，协商不成的，法院依据究竟由谁来抚养孩子对于孩子的成长比较有利作出判决。如你想争取孩子的抚养权，可以举证证明有更多的时间照料孩子，孩子跟随你生活对于孩子本身成长比较有利来进行争取。　　《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》　　
1、两周岁以下的子女，一般随母方生活。母方有下列情形之一的，可随父方生活：　　
(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的;　　
(2)有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的;　　
(3)因其他原因，子女确无法随母方生活的。　　
2、父母双方协议两周以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。　　
3、对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：　　
(1)已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的;　　
(2)子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的;　　
(3)无其他子女，而另一方有其他子女的;　　
(4)子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。　　
4、父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父或母生活的优先条件予以考虑。　　
5、父母双方对十周岁以上的未成年子女随父或随母生活发生争执的，应考虑该子女的意见。　　
6、在有利于保护子女利益的前提下，父母双方协议轮流抚养子女的，可予准许。

夫妻双方分居后，不直接抚养小孩一方完全不尽抚养义务，这种情况法院一般支持分居期间小孩的抚养费。因为抚养小孩是夫妻双方的法定义务，不管是否分居或者是否离婚，夫妻双方都应当履行。
并且夫妻双方分居后，各自的财产和生活已经完全相互独立，若法律允许未抚养一方不再支付分居期间的抚养费显然不公平。

分居协议书，是指夫妻双方在不解除婚姻关系的前提下，就终止夫妻同居义务所达成的书面协议。其内容主要包括夫妻愿意分居，并且对分居期间的财产和子女抚养一一作出约定。在签署夫妻分居协议书后，按照婚姻法的规定，夫妻向法院起诉离婚时，如果有下列情形之一，经法院调解无效的，应准予离婚：

1.重婚或有配偶者与他人同居的;

2.实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的;

3.有赌博、吸毒等恶习屡教不改的;

4.因感情不和分居满二年的;

5.其他导致夫妻感情破裂的情形。