怀孕期间因先兆流产，一直有三甲医院医生开具的病假条，但公司说根据员工手册最多只能连续病假三个月，超过三个月即是有病假条也不算，最多再有15天事假，之后按旷工处理，解除劳动关系，这样是合法的吗

单位以请病假时间长为由解除劳动合同是没有法律依据的。如果单位单方解除劳动合同，您可以根据《劳动合同法》第四十八条的规定提起劳动仲裁，要求继续履行劳动合同并补发解除劳动合同至仲裁或诉讼期间的劳动报酬或者要求单位支付违法解除劳动合同的2倍经济补偿金。　　
1、员工依据法律规定享有医疗期　　根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期的规定》第3条规定，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予3个月到24个月的医疗期。　　因此，在劳动者确实有病需要治疗的情况下，只要请病假的时间不超出医疗期，单位应当批准病假并支付病假期间的工资。　　
2、单位在医疗期内不得随意解除劳动合同　　根据《劳动合同法》第四十二条的规定，在医疗期内的员工，除非员工有第三十九条规定的严重违反用人单位的规章制度、严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害、被依法追究刑事责任等情形外，用人单位不得单方解除劳动合同。　　另外，根据《劳动合同法》第四十条的规定，员工劳动者患病在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位才可以解除劳动合同而且需要按照法律的规定支付经济补偿金。　　因此，单位以请病假时间长为由解除劳动合同是没有法律依据的。如果单位单方解除劳动合同，您可以根据《劳动合同法》第四十八条的规定提起劳动仲裁，要求继续履行劳动合同并补发解除劳动合同至仲裁或诉讼期间的劳动报酬或者要求单位支付违法解除劳动合同的2倍经济补偿金。

《劳动合同法》第三十七条劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。　　第三十八条用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。　　用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。

劳动部办公厅《关于自动离职与旷工除名如何界定的复函》规定“因自动离职处理发生的争议应按除名争议处理”。因此，根据司法解释的规定和精神，用人单位应就其有关职工“擅自离职”的主张进行举证。
二、根据部门规章、劳动政策的规定，解除劳动合同事实的举证责任应由用人单位承担 凡是劳动法律、行政法规、部门规章、劳动政策要求用人单位做到的，用人单位应当就自己遵守了这些规定的事实承担举证责任。劳动部办公厅《关于通过新闻媒介通知职工回单位并对逾期不归者按自动离职或旷工处理问题的复函》规定“ 按照《企业职工奖惩条例》第十八条规定精神，企业对有旷工行为的职工做除名处理，必须符合规定的条件并履行相应的程序。”