本人07年9月起与某单位签订了一份长达3年的劳动合同书，由于劳动强度过大于08年9月提出了辞职，单位让我承担1万多块钱的违约金，由于我没有交付违约金，单位一直没有给我办理解除劳动关系的证明和相关保险的接续手续并扣押了我的档案。问：我是否应当交付违约金，其做法是否合理？

劳动关系存续期间，员工可以就劳动纠纷申请劳动仲裁。或者解除劳动关系一年内均可以申请劳动仲裁，这是最长的时限，不用担心。如果公司通知你办理离职手续，一定要有书面通知。
这其实相当于辞退，如果没有其他原因证明单位是合法辞退的话，那么就属于违法辞退，单位需支付双倍的经济补偿金。你可以另外立案申请经济补偿金。

例如：　单位不给开解除劳动关系证明，算双方解除了劳动关系。　　用人单位出具解除劳动关系证明，但是用人单位已不给劳动者发放工资、不给劳动者安排工作岗位，那么就算双方已实际解除劳动关系。　　用人单位解除与劳动者的劳动关系（或者说辞退、开除）分以下三种情况，可以对照下属于哪种情况，应该支付经济补偿或赔偿而没有支付给的，可以在1年内申请劳动仲裁维护自己的合法权益：　　
1、用人单位与劳动者解除劳动关系，没有任何合法理由，也没有支付经济补偿，劳动者不存在《劳动合同法》39条规定的情形，可以认定该用人单位行为属于《劳动合同法》87条规定的违法解除劳动合同情形，应该支付赔偿金，即每工作一年支付2个月的本人工资，俗称2N；　　
2、用人单位依据《劳动合同法实施条例》第19条规定情形与劳动者解除劳动关系的，其中符合《劳动合同法》46条规定的，应该支付你经济补偿金，即每工作一年支付一个月本人工资，N；符合《劳动合同法》第40条，并且没有提前1个月通知劳动者的还应多支付1个月工资作为代通知金，俗称N+1；　　
3、如果劳动者存在《劳动合同法》39条的规定的情况，用人单位提出解除劳动关系的，不需要支付任何经济补偿，也不需要提前通知；但是，这需要用人单位举证并且书面通知劳动者解除劳动关系。　　相关法律依据：　　《劳动合同法》第
39、
40、
46、
47、87条　　　　《劳动合同法实施条例》第19条

《劳动合同法》五十条规定　用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。第八十九条规定　用人单位违反本法规定未向劳动者出具解除或者终止劳动合同的书面证明，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
据此你可以就你的问题向当地劳动监察大队反映，如果有损失还可以要求原单位赔偿。