某工厂招收了大量外来务工人员，并签订了一年的劳动合同。该工厂对从事生产线操作的员工实行计件工资制度，但在劳动合同履行期间，公司因订单不均衡，既有工作量安排不足的情况，又有要求加班的情况，为平衡员工利益，在计算工资时，公司采取以计时工资保底，计件工资作奖金计算工资的方式发放工资。即若员工不熟练，计件工资不够最低工资标准时，按最低工资标准发放；若员工熟练，计件工资超过计时工资时，支付计件工资。是否合法？

计件工资要怎样算不违背最低工资，劳动者可以设置保底工资加计件工资，用人单位依法订立工价即可。工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。劳动者在试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。
　　《工资支付暂行条例》
　　第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
　　第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
　　第五条工资应当以法定货币支付。不得以实物及有价证券替代货币支付。
　　第六条用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。
　　用人单位可委托银行代发工资。
　　用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。
　　第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
　　第八条对完成一次性临时劳动或某项具体工作的劳动者，用人单位应按有关协议或合同规定在其完成劳动任务后即支付工资。

看公司具体关于加班费和绩奖规定，如果有规定说明加班费与奖金一起支付，且支付合理合法，就不违法啊。如果没有规定，就看公司怎么解释了。一般来说在法律上加班费是必须支付的，但奖金是由企业决定的，如果有规定就按规定，如果没有规定就参考过住奖金支付记录。

休息日的加班费是正常工作日工资的2倍，法定假期的加班费是正常工作日工资的3倍。