我在业务过程中丢失了公司开给客户的增值税普通发票?由于金额比较大?我该怎么办？

红字发票金额不能大于对应的蓝字发票金额，可以小于等于。税控系统开具红字发票是有限制的，一个是红字发票开具申请单，一个是蓝字发票。一般情况是不能开具大于蓝字发票金额的红字发票的。
不知道你在税控系统是怎么开出的。如果开错误了，必须在当月作废。

可以按如下资料对照操作：第二十八条一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。

发票开具：
　　提供用户开具普通发票的功能，包括发票的填开、作废等操作，开具发票的操作人员是开票员。
　　
（1）正常开票：若在线开票，发票自动上传至网络发票管理信息系统；若离线状态开票，开票数据自动保存在系统中，等待网络连通后再将发票信息上传到管理端网络发票管理信息系统。
　　
（2）开具红字发票：对隔月已经报送的发票做冲红处理，开具红字发票（发票冲红）
　　特殊红票：特殊冲红是对网络发票系统应用以前所开发票的冲红开具，则冲红发票填开方式应选择“特殊红票”，按原正数发票的内容填开红字发票，数量、金额为负值，操作步骤同正数发票填开。
　　
（3）发票填开作废：对当前月份已开具的发票进行作废。
　　
（4）空白发票作废：用于作废没有开具过的发票。
　　
（5）发票查询补打：此功能用于将已经开具并保存发票查询补打操作，将已开具的发票打印出来。
　　
（6）发票补录：当纸质发票已经打印出来，而发票电子数据未保存时，需要使用发票补录功能，完成电子发票数据的录入。