我妻子与2008年9月9日，就职于大庆市xx商城，任二楼楼层经理一职，2009年6月22日，因个人原因离职（已提前40日提出口头离职申请），该商城7月10日发放6月份工资时，以我妻子为交接离职为由，扣发六月份（共计21日）工资。

按规定来说，一般提交离职申请书要提前一个月，为的是接下来的交接工作的顺利完成。
你提交离职申请书的日子开始，到你正式办理离职手续期间，只要是你正常工作打卡，都是有工资算的。
假如你1号提出申请，10号正式辞职，这个期间是给你发工资的。你不用担心。只要你正常工作，正规的公司都会发的。

用人单位是否可以扣发劳动者的工资，要视具体情况而定。　　我国劳动法第50条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。这一规定是对劳动者工资报酬权的法律保护。所谓“克扣”，是指用人单位无正当理由，扣减劳动者的应得工资。用人单位克扣劳动者工资的行为，有两方面的标准，一是看劳动者是否提供了正常的劳动;二是看用人单位是否有正当的理由。如果劳动者按照劳动合同的约定，提供了无过错的正常劳动，而用人单位又不具有扣除工资的法定理由的，就属于克扣劳动者工资。克扣劳动者工资的行为是违法行为，是对劳动者工资权的侵犯。　　劳动部发布的《工资暂行规定》第15条规定，用人单位不得克扣劳动者工资，有下列情形之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
(1)用人单位代扣代缴的劳动者个人所得税;　　
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项保险费用;　　
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;　　
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　该规定第16条还规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%.若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。上述代扣劳动者工资的情况，不得视为克扣工资。　　此外，根据劳动部的有关规定，下列减发工资的情况也不得视为克扣工资：　　
(1)国家法律、法规中有明确规定的;　　
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;　　
(3)用人单位依法制定并经职工代表大会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;　　
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的，但支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准;　　
(5)因劳动者请假等原因相应减发工资。

员工离职的原因应该由谁举证？ 　　
1、因企业开除、除名、辞退职工发生的争议，是一种隶属关系的争议，应适用“举证责任倒置”的原则，由作出决定的用人单位负举证责任，要求其举证证明其作出的行为是合法的。 　　
2、因用人单位拖欠职工工资、拖欠职工福利待遇、拒为职工提供劳动安全条件和防护用品等发生的争议，是一种由人身依附关系引起的争议，也应适用“举证责任倒置”的原则，由用人单位负举证责任，要求其举证证明其没有拖欠工资、福利待遇或依法提供了劳动安全条件和防护用品。 　　《劳动合同法》相关司法解释规定，在劳动合同中，单位应当对劳动者的入职、辞职及解除合同的原因承担举证责任。 　　如果双方均无法证明自己的主张，鉴于双方当事人均无意继续存续劳动关系，一般视为由负有管理责任的公司一方提出，并由双方协商一致解除劳动关系。