你好，离婚时女方没有住房，没办法把户口从男方户口迁出，但可以把户口分开，现在想把自己和孩子的户口分出来，协议离婚，协议孩子归女方，男方不付抚养费，没标注放弃男方抚养权，现在男方各种理由不配合办理相关程序，请问，协议离婚时孩子女方抚养可以认定抚养权在女方么，还用法院起诉抚养权问题么？

抚养权的归属可以双方协商，一旦协商不成，则需由法院判决。法院判决抚养权归属，一般根据有利于子女成长原则进行：主要考虑以下因素：夫妻双方的学历、工作、收入、年龄、家庭环境、子女的年龄等。
两周岁以下的子女，一般随母方生活。父母双方对十周岁以上的未成年子女随父或随母生活发生争执的，应考虑该子女的意见。
《婚姻法》
第三十六条　父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。
离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。
　　离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。
　　离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。
哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。
　　第三十七条　离婚后，一方抚养的子女，另一方应负担必要的生活费和教育费的一部或全部，负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成时，由人民法院判决。
　　关于子女生活费和教育费的协议或判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或判决原定数额的合理要求。
　　第三十八条　离婚后，不直接抚养子女的父或母，有探望子女的权利，另一方有协助的义务。
　　行使探望权利的方式、时间由当事人协议；协议不成时，由人民法院判决。
　　父或母探望子女，不利于子女身心健康的，由人民法院依法中止探望的权利；中止的事由消失后，应当恢复探望的权利。