您好！我想问一下公司发工资时公司已经将个人所得税扣除了，并非个人所交的个人所得税，并且扣除项目中伙食住宿保险都是扣完个人所得税后再扣除的，这样的模式合不合理？

工资个税的计算公式为：应纳税额=（工资薪金所得 －“五险一金”－扣除数）×适用税率－速算扣除数
个税免征额是3500，使用超额累进税率的计算方法如下：
缴税=全月应纳税所得额*税率-速算扣除数
实发工资=应发工资-四金-缴税。
全月应纳税所得额=(应发工资-四金)-3500
扣除标准：个税按3500元/月的起征标准算
你现在工资收入为5000元，那你应纳个人所得税为：(5000－3500)×3%－0=45(元)。

企业所得税的扣除项目有哪些，　　企业所得税法定扣除项目是据以确定企业所得税应纳税所得额的项目。企业所得税条例规定，企业应纳税所得额的确定，是企业的收入总额减去成本、费用、损失以及准予扣除项目的金额。成本是纳税人为生产、经营商品和提供劳务等所发生的各项直接耗费和各项间接费用。费用是指纳税人为生产经营商品和提供劳务等所发生的销售费用、管理费用和财务费用。损失是指纳税人生产经营过程中的各项营业外支出、经营亏损和投资损失等。除此以外，在计算企业应纳税所得额时，对纳税人的财务会计处理和税收规定不一致的，应按照税收规定予以调整。企业所得税法定扣除项目除成本、费用和损失外，税收有关规定中还明确了一些需按税收规定进行纳税调整的扣除项目。　　主要包括以下内容：　　⑴利息支出的扣除。纳税人在生产、经营期间，向金融机构借款的利息支出，按实际发生数扣除；向非金融机构借款的利息支出，不高于按照金融机构同类、同期贷款利率计算的数额以内的部分，准予扣除。　　⑵计税工资的扣除。条例规定，企业合理的工资、薪金予以据实扣除，这意味着取消实行多年的内资企业计税工资制度，切实减轻了内资企业的负担。但允许据实扣除的工资、薪金必须是“合理的”，对明显不合理的工资、薪金，则不予扣除。今后，国家税务总局将通过制定与《实施条例》配套的《工资扣除管理办法》对“合理的”进行明确。　　⑶在职工福利费、工会经费和职工教育经费方面，实施条例继续维持了以前的扣除标准(提取比例分别为14%、2%、
2.5%)，但将“计税工资总额”调整为“工资薪金总额”，扣除额也就相应提高了。在职工教育经费方面，为鼓励企业加强职工教育投入，实施条例规定，除国务院财税主管部门另有规定外，企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额
2.5%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。　　⑷捐赠的扣除。纳税人的公益、救济性捐赠，在年度会计利润的12%以内的，允许扣除。超过12%的部分则不得扣除。　　⑸业务招待费的扣除。业务招待费，是指纳税人为生产、经营业务的合理需要而发生的交际应酬费用。税法规定，纳税人发生的与生产、经营业务有关的业务招待费，由纳税人提供确实记录或单据，分别在下列限度内准予扣除：《企业所得税法实施条例》第四十三条进一步明确，企业发生的与生产经营有关的业务招待费支出按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售(营业收入的5‰，也就是说，税法采用的是“两头卡”的方式。一方面，企业发生的业务招待费只允许列支60%，是为了区分业务招待费中的商业招待和个人消费，通过设计一个统一的比例，将业务招待费中的个人消费部分去掉；另一方面，最高扣除额限制为当年销售(营业)收入的5‰，这是用来防止有些企业为不调增40%的业务招待费，采用多找餐费发票甚至假发票冲账，造成业务招待费虚高的情况。　　⑹职工养老基金和待业保险基金的扣除。职工养老基金和待业保险基金，在省级税务部门认可的上交比例和基数内，准予在计算应纳税所得额时扣除。　　⑺残疾人保障基金的扣除。对纳税人按当地政府规定上交的残疾人保障基金，允许在计算应纳税所得额时扣除。　　⑻财产、运输保险费的扣除。纳税人缴纳的财产，运输保险费，允许在计税时扣除。但保险公司给予纳税人的无赔款优待，则应计入企业的应纳税所得额。　　⑼固定资产租赁费的扣除。纳税人以经营租赁方式租入固定资产的租赁费，可以直接在税前扣除；以融资租赁方式租入固定资产的租赁费，则不得直接在税前扣除，但租赁费中的利息支出。手续费可在支付时直接扣除。　　⑽坏账准备金、呆账准备金和商品削价准备金的扣除。纳税人提取的坏账准备金、呆账准备金，在计算应纳税所得额时准予扣除。提取的标准暂按财务制度执行。纳税人提取的商品削价准备金准予在计税时扣除。　　⑾转让固定资产支出的扣除。纳税人转让固定资产支出是指转让、变卖固定资产时所发生的清理费用等支出。纳税人转让固定资产支出准予在计税时扣除。　　⑿固定资产、流动资产盘亏、毁损、报废净损失的扣除。纳税人发生的固定资产盘亏、毁损、报废的净损失，由纳税人提供清查、盘存资料，经主管税务机关审核后，准予扣除。这里所说的净损失，不包括企业固定资产的变价收入。纳税人发生的流动资产盘亏、毁损、报废净损失，由纳税人提供清查盘存资料，经主管税务机关审核后，可以在税前扣除。　　⒀总机构管理费的扣除。纳税人支付给总机构的与该企业生产经营有关的管理费，应当提供总机构出具的管理费汇集范围、定额、分配依据和方法的证明文件，经主管税务机关审核后，准予扣除。　　⒁国债利息收入的扣除。纳税人购买国债利息收入，不计入应纳税所得额。　　⒂其他收入的扣除。包括各种财政补贴收入、减免或返还的流转税，除国务院、财政部和国家税务总局规定有指定用途者，可以不计入应纳税所得额外，其余则应并入企业应纳税所得额计算征税。　　⒃亏损弥补的扣除。纳税人发生的年度亏损，可以用下一年度的所得弥补，下一纳税年度的所得不足弥补的，可以逐年延续弥补，但最长不得超过5年。　　相关知识延伸阅读：所得税具体是指什么　　所得税是各地政府在不同时期对个人应纳税收入的定义和征收的百分比不尽相同，有时还分稿费收入、工资收入以及偶然所得(例如彩票中奖)等等情况分别纳税。所得税又称所得课税、收益税，指国家对法人、自然人和其他经济组织在一定时期内的各种所得征收的一类税收。　　在经济增长过程中，消费、投资等要素对经济增长最直接。个人所得税直接影响消费需求，既而间接影响投资需求。企业所得税的税后可支配的收入高低，直接影响企业税后可支配的收入高低，影响企业的投资回报率，进而影响投资。

若用人单位随意克扣员工的工资，劳动者可以先行与其协商，由公司给出克扣工资的理由，如对公司给出的理由不满意或者公司不给理由的话，可以申请法律途径。
劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。
对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。