我们公司春节放假通知是1月28日~2月13日，那么公司扣除法定假日外的休息天数工资，这样合理吗？

可以申请劳动仲裁。
根据《工资支付暂行规定》第12条的规定，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准;若劳动者没提供正常劳动，应按国家有关规定办理。
第四根据《劳动法》十七条　用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
第四十八条　国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。
用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
根据《劳动法》第九十一条　用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：

1)1月28日(初一)、29日(初二)、30日(初三)为春节假期，系法定节假日加班;　　根据《工资支付暂行规定》的规定，用人单位依法安排劳动者在法定节假日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。上海市目前最低工资标准为2190元/月，也就是说，当天用人单位安排加班，春节放假加班工资计算费用如下：　　2190元/月÷
21.75天×3天×300%=
906.21元。　　对于实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，在法定节假日加班的，应按照不低于其计件单价的300%支付其加班费。那么，大家都知道法定节假日均为带薪休假，该300%的加班费是否包含本数“带薪”呢?　　其实是不包含的，根据劳动部关于印发《对amp;lt;工资支付暂行规定amp;有关问题的补充规定》的通知，安排在法定休假日工作的，应另外支付给劳动者不低于劳动合同规定的劳动者本人小时或日工资标准300%的工资。言外之意，法定节假日安排员工劳动，员工实际可得到四倍工资。即员工最低可得工资：　　2190元/月÷
21.75天×3天×400%=
1208.28元。

我国劳动法第四十四条规定：“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准。法定节假日加班工资：按不低于员工本人按上一个月的平均日工资或小时工资的300%另行支付加班工,节假日加班工资=加班工资的计算基数/
21.75×300%,加班费为计算基数/
21.75/8小时×3倍*加班小时数。算正常工资，可以去劳动仲裁机构申请劳动仲裁，然后在起诉单位，要求赔偿。