我1999年办理了结婚证，现在协议离婚可是民政局没有我们的记录，要我们现在办结婚证，然后再办离婚证

办理离婚证的手续：　　
一、离婚登记的条件　　
1、男女双方必须自愿离婚。　　
2、双方均具有完全民事行为能力。　　
3、当事人持有离婚协议书，协议书中必须载明双方自愿离婚的意思表示以及对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的意见。　　
4、当事人持有内地婚姻登记机关或者中国驻外使(领)馆颁发的结婚证。　　
二、离婚登记提交的证件材料　　
1、本人常住户口簿、居民身份证。　　
2、双方的结婚证。　　
3、双方当事人的离婚协议书。　　
4、双方当事人各提交2张大1寸单人近期半身免冠彩色照片。　　
三、离婚登记的程序　　
1、离婚的男女双方共同到一方常住户口的区、县级市民政局(或镇人民政府)婚姻登记处提出申请。　　
2、双方当事人填写《申请离婚登记声明书》，并在婚姻登记员面前签名或按指印。　　
3、双方当事人在离婚协议书(一式三份)上签署同意协议内容的意愿，并在婚姻登记员面前签名或按指印。　　
4、婚姻登记机关对离婚当事人提交的证件、协议书、证明材料进行审查，符合离婚登记条件的，予以登记。　　
四、离婚登记的时限、收费标准　　
1、登记时限：证件材料齐全，予以登记，发给离婚证。　　
2、收费标准：国内离婚登记每对9元。　　【注意】双方必须到场离婚登记

根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释（法释〔2001〕30号）：
第四条男女双方根据婚姻法第八条规定补办结婚登记的，婚姻关系的效力从双方均符合婚姻法所规定的结婚的实质要件时起算。
第五条未按婚姻法第八条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，起诉到人民法院要求离婚的，应当区别对待：
1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理；
1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记；未补办结婚登记的，按解除同居关系处理。

最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释
(二)（法释[2003]19号）规定：

第一条　当事人起诉请求解除同居关系的，人民法院不予受理。但当事人请求解除的同居关系，属于婚姻法第三条、第三十二条、第四十六条规定的“有配偶者与他人同居”的，人民法院应当受理并依法予以解除。
当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。

根据法律规定，没有办理结婚登记的属于同居关系，法院不受理解除同居关系的诉求，但是可以受理同居期间财产分割或者抚养权分配的诉求。离婚协议一般被视作以离婚为条件的协议，签署离婚协议后如果办理了离婚手续，则双方需按照协议约定履行，如果没有办理离婚手续，则离婚协议不发生效力，但是离婚协议上关于事实的陈述有一定的证据作用。
离婚协议书中一般要包含身份信息，抚养权分配，财产分割等内容。两周岁以内的小孩一般抚养权会判给母亲，如果小孩超过了两周岁，那么法院会从有益于小孩身心发育的角度出发考虑抚养权的分配问题。
如果有不止一个小孩，一般来讲两边都会分配小孩，除非一方有不适合抚养小孩的情形，不然不会将几个小孩都判归一方抚养。