离婚时，爸爸有工作，妈妈没工作，双方协商老大由爸爸单独抚养，随爸爸生活，老二随妈妈生活，爸爸每月付抚养费1000元，并签离婚协议，当时不给抚养费女方就不离婚，离婚后，爸爸不给抚养费，妈妈起诉，法院最后会按协议判吗？

起诉离婚时原告可以提出抚养子女的诉讼请求，具体如何判决由法院按照相关法律法规裁决。
《婚姻法》第三十六条　【离婚与子女】父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。
离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。
一、孩子不足两周岁
两周岁以下的孩子，一般随母方生活，母方有下列情形之一的，可随父方生活：
1、患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，孩子不宜与其共同生活的;
2、有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求孩子随其生活的;
3、因其他原因，孩子确无法随母方生活的。
二、孩子在两周岁以上
对两周岁以上未成年的孩子，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：
1、已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的;
2、孩子随其生活时间较长，改变生活环境对孩子健康成长明显不利的;
3、无其他孩子，而另一方有其他孩子的;
4、孩子随其生活，对孩子成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于孩子身心健康的情形，不宜与孩子共同生活的。
5、孩子单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助孩子照顾孙孩子或外孙孩子的，可作为孩子随父或母生活的优先条件予以考虑。
三、孩子在十周岁以上
1、父母双方对十周岁以上的未成年孩子随父或随母生活发生争执的，应考虑该孩子的意见。
2、在十周岁以上的未成年孩子，属于限制民事行为能力人，有一定的辨别是非的能力。所以在离婚案件中，处理孩子随谁生活的问题上，应考虑到孩子的个人的意愿。
3、考虑孩子的意见并不是十周岁以上未成年孩子可以随意选择随谁生活，法院一般在父方母方同争抚养权，且双方都具有抚养孩子的条件时，才考虑孩子个人的意见。
4、男方要求取得孩子的抚养权可从其收入较高，有抚养能力和孩子单独随祖父母共同生活多年，且祖父母要求并且有能力帮助孩子照顾孙孩子的理由来争取。
如能提出更加具体的问题，则可作出更为周详的回答。