公司已经连续三个月未发放工资，也未能及时足额为员工缴纳社会保险费以及公积金，书面提出解除劳动合同，但是公司不予批准，该怎么办，还说只能由公司提出与员工解除劳动合同

用人单位提出解除劳动合同也分三种情况：
一是，依据三十六条、四十条、四十一条解除劳动合同，用人单位应支付经济补偿金，计算方法同上；
二是，依据四十九条的规定解除劳动合同（劳动者违规），用人单位可以不支付经济补偿金；
三是，用人单位没有理由违法解除劳动合同，用人单位要依据劳动合同法第八十七条的规定，按经济补偿金标准的两倍支付赔偿金

法律依据《社会保险法》第三十八条　因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：
　　
（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；
　　
（二）住院伙食补助费；
　　
（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；
　　
（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；
　　
（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；
　　
（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；
　　
（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；
　　
（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；
　　
（九）劳动能力鉴定费。

工伤解除合同的补偿分为劳动合同解除补偿和工伤两个方面。
一、解除或者终止劳动关系经济补偿
（一）用人单位解除劳动合同
解除劳动合同合法的，劳动者具有《劳动合同法》第三十九条规定过错的，没有补偿；不具有法定过错的，用人单位应当按照劳动者本单位工作年限每年支付一个月工资经济补偿金。
（二）劳动者解除劳动合同
用人单位具有《劳动合同法》第三十八条规定过错的，用人单位应当支付经济补偿；没有法定过错的，没有经济补偿。
（三）违法解除合同
1、用人单位违法解除劳动合同，劳动者主张继续履行合同的，应当继续履行；不主张继续履行合同，或者合同不能继续履行的，用人单位应当按照经济补偿金的二倍支付赔偿金。
2、劳动者违法解除劳动合同的，应当赔偿用人单位有证据证明的经济损失。
二、工伤方面
（一）不构成伤残等级的工伤职工，没有补偿。
（二）鉴定为五至十级的，按照所在省、自治区、直辖市规定的具体标准，由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金，所在单位支付一次性就业补助金，终止工伤保险关系。