我们公司在员工休年假期间扣除工资合理吗？公司的解释是请年假期间拿加班费低做工时，这是不是变向的扣除工资，这么做合理吗？

公司只给加班津贴能代替加班费吗?能追讨加班费吗?不能。能追讨加班费。

延长工作时间是指劳动者的工作时数超过法律规定的标准工作时间，包括加班和加点两种。加班是指员工根据用人单位的要求，在法定节假日和公休假日从事生产或工作;加点是指员工根据用人单位的要求，在标准工作日规定的工作时间以外继续从事生产或工作。
根据加班加点时间的不同，《劳动法》将加班加点的工资报酬计发比例做了三个不同层次的规定：

一、用人单位安排劳动者延长工作时间的(即加点)，应当向劳动者支付不低于工资150%的工资报酬;

二、用人单位在休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应当向劳动者支付不低于工资200%的工资报酬;

三、用人单位在法定休假日安排劳动者工作的，应当向劳动者支付不低于工资300%的工资报酬。

加班加点是否要补发加班工资的问题，首先应当明确加班津贴是否可以替代加班工资。加班津贴是用人单位给本企业员工设定的一项福利制度，法律对加班津贴并没有强制要求，用人单位可以根据经营特点及企业需要决定是否设定和执行加班津贴制度。
加班工资与其不同，是法律给用人单位设定的一项法定义务，劳动者超过工作时间工作，用人单位应当根据实际发生的加班加点的时间不同，按照相应的比例予以计发加班工资。

由此可见，加班津贴并不等同于加班工资，用人单位支付了加班津贴不能必然免除支付加班工资的法定义务。
在目前的一些法律实践中，很多用人单位设定加班津贴的目的是对加班工作人员超时工作进行补偿，与法律对加班工资规定的立法目的相同，基于公平原则，加班津贴可以部分抵消加班工资，但毕竟不能取代加班费，二者归于不同法律规范的范畴。
因此，加班津贴应当实行 “多不退少要补”的原则，当实际加班工资高于加班津贴时，用人单位应当按照实际加班工资金额支付;当实际加班工资低于加班津贴标准时，用人单位可以按照企业内部规定的加班津贴标准支付。