我们三人合伙开公司，现在公司运营不错，可是另外两个股东以一些名目把公司资金转入自己名下，结算结果是没资金，提出以两千元把股份转给其中一人。

合伙开公司股份分配：如果是一般有限责任公司的话，股份是按照投资金额和注册资金的比例确定的，利润也是按照股份占有情况按照比例分配的，这个没有什么比较好的说法，直接按照股权比例分配。

公司注册时提供的公司章程和股东会决议中规定了股权分配和利润分配，除非有特殊要求，否则按照正常分配原则即可。

注册普通有限责任公司就可以了，在公司章程和股东会决议中规定有关公司的每个人的权力和义务，例如股权比例，个人职责，如何分红等等，还有规定公司注册资本和认缴期限等，法定代表人可以是股东，也可以不是股东。

根据我国公司法的规定，股东对公司的投资，既可以采取货币出资方式，也可以实物、工业产权、非专利技术、土地使用权作价出资的方式。每种出资方式应遵守相应的规定。　　
(1)货币出资方式　　货币出资方式是指股东直接用资金向公司投资的方式。股东直接用金钱向公司投资，其认缴的股本金额应在办理公司登记前将现金出资一次足额存入准备设立的有限责任公司在银行或其他金融机构开设的临时帐户。　　
(2)实物作价出资方式　　实物作价出资方式是指股东对公司的投资是以实物形态进行的，并且实物构成公司资产的主体。实物必须是公司生产经营所必需的建筑物、设备、原材料或者其他物资，非公司生产经营活动所需要的物资，不得作为实物入股公司。根据公司法的规定，以实物出资的，应当到有关部门办理转移财产的法定手续。对于实物出资，必须评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。对于国家行政事业单位、社会团体、企业以国有资产为实物出资的，实物作价结果应由国有资产管理部门核资、确认。股东以实物作价出资，应在办理公司登记办理实物出资的转移手续，并由有关验资机构验证。　　
(3)工业产权出资方式　　工业产权(包括非专利技术)是一种无形的知识资产，它与有形资产不同，它是一种使用权。用工业产权出资，大体上可分为两类：一类是专利权和商标权，一类是专有技术，指的是制造工艺、材料配方及经营管理秘诀。股东以工业产权(包括非专利技术)作为出资向公司入股，股东必须是该工业产权(包括非专利技术)的合法拥有者，并经过法律程序的确认。股东以工业产权(包括非专利技术)作价出资，必须对工业产权、非专利技术进行评估作价，不得高估或者低估作价，并应在公司办理登记注册之前办妥其转让手续。我国公司法规定，股东以工业产权(包括非专利技术)作价出资的金额不得超过有限责任公司注册资本的20%。　　
(4)土地使用权出资方式　　股东以土地出资入股，只能是以土地使用权出资入股。根据《股份制试点企业土地资产管理暂行规定》的规定，使用集体企业土地的股份制企业，必须持负责审批组建股份制企业主管部门的批准文件，经县级以上人民政府批准，按国家建设征用土地的规定由国家征用，依法出让给股份制企业，或由国家作资入股。土地使用权价格由县级以上人民政府土地管理部门组织评估，并报县级以上人民政府审核后，作为核定的土地资产金额。股东以土地使用权出资，必须持有土地管理部新颁发的国有土地使用证。在公司成立后，股东将国有土地使用证交给公司，由公司向当地人民政府土地管理部门申请变更土地登记。

注册资金是不能退的，股东可以按照公司章程的约定分红，如果想退股的话可以通过转让股权的方式退出公司。根据《公司法》第七十一条规定，　有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
　　股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。
其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。　　经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
　　公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。