本人因为特殊原因不能回去亲自办理离职手续，但是公司不同意，这样做合法吗？

劳动者去过离职的，用人单位是应当支付其工资的，如果因为劳动者的离职给用人单位造成一定损失的，用人单位是可以要求劳动者进行一定赔偿的。
　　如果未及时支付工资，有两个途径可以要求支付工资：
　　
1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大；
　　
2、可以到当地劳动局申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，还可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
　　法律依据：各省的工资支付规定。例如：
　　《广东省工资支付条例》第十三条用人单位与劳动者依法终止或者解除劳动关系的，应当在终止或者解除劳动关系当日结清并一次性支付劳动者工资。
　　《山东省企业工资支付规定》第三十三条　企业与劳动者依法解除、终止劳动合同的，企业应当在解除或者终止劳动合同时一次性支付劳动者应得的工资。
　　《中华人民共和国劳动合同法》第九十条劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
　　《工资支付暂行条例》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

离职手续:
1、辞职者一人亲自填写"辞职申请表"一式四份，交于所在单位相关职能部门。

2、单位接到辞职申请后，根据情况进行审核或审批。对于不需经过批准的辞职申请，单位应在"辞职申请表"中的有关栏目内填写对申有关情况是否属实的审核意见；对需要经过批准的辞职申请，则填写是否批准的意见。

单位填写意见后的"辞职申请表"需报送主管部门一份，报送人才流动机构一份；装入申请人档案一份，单位留存一份。

3、对于审核或批准的辞职，单位填写"辞职人员档案转递通知单"连同辞职者本人的你事档案和另一份"辞职申请表"一并转至同级政府人事部门所属人才交流服务机构。


4、政府人事部门所属人才交流服务机构接到辞职者所在单位转来的材料，清点无误后填写回执，完成辞职者人事档案转递工作。

5、政府人事部门所属人才交流服务机构与辞职者本人签定有关档案管理的协议后，发给辞职者"辞职证明书"，并装入本人档案一份，本人留存一份，人才流动机构一份，完成辞职手续。


6、辞职申请符合辞职的有关规定，提出申请三个月后单位仍不给办理辞职手续，辞职申请人可直接到同级政府人事部门所属人才交流服务机构申请办理辞职手续。

人才交流服务机构接到辞职申请人填写的"辞职申请表"后，在有关栏目填写意见并向所在单位调转人事档案，办理辞职手续，发给辞职申请人"辞职证明书"完成辞职手续。

7、因辞职发生争议，经有关部门仲裁后，辞职申请人凭裁定辞职的仲裁文书到同级政府人事部门所属人才交流服务机构办理辞职手续。

劳动者离职后，对工资有争议，劳动仲裁时效为一年。

根据《劳动仲裁法》
第二十七条 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。

因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。
从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。