如果在公司不干了，自动离职3天扣三倍工资，请问合法吗

可以通过下列方法解决：
(1).到劳动行政部门举报(通常是劳动管理监察大队。
(2).也可以直接申请仲裁(仲裁费用200-300元，如果你胜了全部由公司负担。
(3).如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书后15天之内到法院起诉。
(4).根据国家规定在仲裁或诉讼的时候，你可以要求除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。(具体法律根据见参考部分)。
在薪资讨要过程中应当注意有关证据具的保留，如劳动合同、工作证(工卡、厂牌、出入证等)、收入证明如工资条、工作证明如考勤表或签到表、派工单等能够证明与用人单位有劳动关系以及收入、工作时间等相关证据。
当然，如果你因为公司没有发放工资而选择辞职更换工作，在不违反法律规定的情况下是允许的，但是一定要符合相关程序，避免使自己产生责任。

　 劳动者和用人单位没有签订劳动合同，劳动者自动离职，用人单位应当依法支付劳动者的合法工资，劳动者可以向用人单位主张未签劳动合同第二个月起的双倍工资，最多11个月。
　　1，劳动者工作内容的证据，如电子文本，资料，公司相关的其他资料；
　　2，劳动者工作的相关标识，如工作信签，员工牌，员工服装等与公司相关的任何证明；
　　3，公司给劳动者的制度依据，最好是盖章或印刷整套、册的资料，比如员工手册、财务制度，员工名册等等；
　　4，公司正式员工或领导与劳动者交流的资料，比如工作安排、书面通知、电子邮件的通知等等；
　　5，劳动者可以尝试与公司主管领导对话，然后录音，并将领导的名字在录音材料里面体现，否则，劳动争议仲裁委员会很难确认录音材料的真实性；
　　6，劳动者可以通过人证，其他离开公司的员工的证言，证明劳动者在公司上班。
　　7，其他能与公司有关的材料（工作署名的文件），均可作为证据使用。

原劳动部办公厅《关于自动离职与旷工除名如何界定的复函》（劳办发[1994]48号）曾经明确，“自动离职”是指职工擅自离职的行为。即职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。
如辞职未准擅自离职；未说明原因不辞而别；受优厚待遇诱惑而擅自“跳槽”等。职工没有请假，三天没有上班，是什么？原劳动部曾经规定，旷工是指非不可抗力因素，职工既不请假，或者请假未被批准，而不出勤。
职工不请假3天未上班，应属于旷工。但旷工并非自动离职。用人单位规定旷工3天算自动离职与法律法规精神相悖，属于无效规定。但是，用人单位可以通过民主程序，依法制定规章制度，规定旷工3天，属于“严重违反用人单位规章制度”，经催告不复工可以解除劳动合同。
工资是用人单位按照法律法规的规定和劳动合同的约定支付给劳动者的工资报酬，劳动者付出了劳动，就有获得劳动报酬的权利。用人单位因为劳动者旷工解除合同，应当在解除合同时按出勤一次性结清工资。
对于劳动者旷工，可以扣除当天工资，可以要求其因为旷工给用人单位造成的有证据证明的直接经济损失进行赔偿，但不得乱扣工资。