我妹妹非法同居并生了俩孩子。现在闹矛盾了要分开。去司法所做了调解。感觉不合理还能维护自己的权利吗？

你好，孩子的抚养权归属孩子的父母，即你或者女方。根据《中华人民共和国婚姻法》第二十五条“非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何人不得加以危害和歧视。不直接抚养非婚生子女的生父或生母，应当负担子女的生活费和教育费，直至子女能独立生活为止。
”的规定， 非法同居所生的孩子既可以由父亲抚养，也可以由母亲抚养。不直接抚养非婚生子女的生父或生母，应当负担子女的生活费和教育费，直至子女能独立生活为止。此外，从人民法院审理婚姻案件的角度来看，人民法院审理离婚案件，对子女抚养问题，从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况妥善解决。
即小孩的抚养权关键是看小孩由谁抚养对小孩的成长生活更为有利。孩子尚在哺乳期，以随哺乳的母亲抚养为原则，男方支付孩子的抚养费。孩子满两周岁未满十周岁的，一般由对其成长有利的一方抚养，另一方支付抚养费。
孩子满十周岁的，归谁抚养还要征求孩子的意见。

非法同居该怎么处理？
非法同居是指男女双方未办结婚登记手续即以夫妻名义同居生活，群众也认为是夫妻关系的一种同居行为。法同居是一种违法行为，不受中国法律保护。
一、离婚后，双方未再婚，在未履行复婚登记手续的情况下，又以夫妻名义共同生活，一方起诉离婚后，一般应解除其关系。
二、未办理而以夫妻名义同居生活的男女，一方要求“离婚”或关系的，经查证确属非法同居的，应一律判决予以解除。
三、解除非法同居时，对非婚生子女的抚养、教育和，应本着照顾妇女、儿童的利益及双方过错程度妥善处理。
四、解除非法同居，对在哺乳期内的子女，原则上由母方抚养，如父方有条件的，母方同意，也可由父方抚养。子女为限制民事行为能力的，应征求子女本人的意见。一方将未成年子女送他人抚养，须征得另一方同意。
五、解除非法同居时，同居生活期间双方所得的收入和购置的财产，按共同财产处理。同居期间一方自愿赠送给对方的财物，可比照赠与关系处理。一方向另一方索要的财物，按最高院《关于贯彻执行民事政策法律若干问题的意见》处理。
六、解除非法同居时，同居期间为共同生产、生活而而形成的债权、债务，可按共同债权、债务处理。
七、解除非法同居时，一方在共同生活期间患有严重疾病未治愈的，分割财产时，应适当予以照顾，或者由另一方给予一次性经济帮助。

22、属于事实婚姻的，其财产分割适用本意见。属于非法同居的，其财产分割按最高人民法院《关于人民法院审理未办结婚登记而以夫妻名义同居生活案件的若干意见》的有关规定处理。