运输合同印花税双方都要缴纳。印花税是一种行为税,这种行为不是单方面的,凡发生书立、使用、领受具有法律效力的凭证的单位和个人都需要
征收。运输合同的委托方和受托方是合同共同当事方,因此都要交纳印花税。
法律依据:《中华人民共和国印花税暂行条例》第二条
下列凭证为应纳税凭证:
(一)购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证;
(二)产权转移书据;
(三)营业账簿;
(四)权利、许可证照;
(五)经财政部确定征税的其他凭证。
第八条
同一凭证,由两方或者两方以上当事人签订并各执一份的,应当由各方就所执的一份各自全额贴花。