商标权使用费收入的收取的确认办法是:一般来说,对于商标使用权收费,由当事人自行约定;且该使用费一般需要在商标许可合同中体现,并由商标局予以备案。法律依据:《
中华人民共和国商标法》第四十三条
商标注册人可以通过签订商标使用许可合同,许可他人使用其注册商标。
许可人应当监督被许可人使用其注册商标的商品质量。被许可人应当保证使用该注册商标的商品质量。
经许可使用他人注册商标的,必须在使用该注册商标的商品上标明被许可人的名称和商品产地。
许可他人使用其注册商标的,许可人应当将其商标使用许可报商标局备案,由商标局公告。商标使用许可未经备案不得对抗善意第三人。