专利权归属纠纷的管辖机关是:人民法院,法院可以依据当事人之间的协议认定归属权。因为专利的共有人可以在
合同中约定专利权的归属,没有约定的,可以由共有人共同使用或单独实施。
法律依据:《
中华人民共和国专利法》第八条
两个以上单位或者个人合作完成的发明创造、一个单位或者个人接受其他单位或者个人委托所完成的发明创造,除另有协议的以外,申请专利的权利属于完成或者共同完成的单位或者个人;申请被批准后,申请的单位或者个人为专利权人。
第十五条
专利申请权或者专利权的共有人对权利的行使有约定的,从其约定。没有约定的,共有人可以单独实施或者以普通许可方式许可他人实施该专利;许可他人实施该专利的,收取的使用费应当在共有人之间分配。
除前款规定的情形外,行使共有的专利申请权或者专利权应当取得全体共有人的同意。