公司规章制度里面规定旷工一天扣两天工资，旷工六天扣一个月工资合法吗？

对于公司扣工资的问题，如果公司是以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬的，要承担刑事责任。
法律依据： 我国刑法第二百七十六条之一规定：以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

首先，根据《劳动法》第3条规定，劳动报酬权是劳动者八项基本权利之一。根据《劳动法》第46条关于“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬”之规定，在劳动者提供劳动义务的前提下，用人单位有义务支付提供劳动义务期间的报酬，而“旷工一天扣3天工资”的规定，是变相剥夺劳动者获得劳动报酬的权利。
其次，这一规定带有经济处分性质，而经济处分在本质上就是罚款。关于罚款的合法性问题，目前的主流观点是不认可罚款合法的。最后，这一规定也违反了公平原则，劳动者出勤一天只发放一份工资，旷工一天却要扣去三份工资，劳动者不能信服。

劳动部发布的《工资暂行规定》第15条规定，用人单位不得克扣劳动者工资，有下列情形之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
(1)用人单位代扣代缴的劳动者个人所得税;　　
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项保险费用;　　
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;　　
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　该规定第16条还规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%.若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。上述代扣劳动者工资的情况，不得视为克扣工资。　　此外，根据劳动部的有关规定，下列减发工资的情况也不得视为克扣工资：　　
(1)国家法律、法规中有明确规定的;　　
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;　　
(3)用人单位依法制定并经职工代表大会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;　　
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的，但支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准;　　
(5)因劳动者请假等原因相应减发工资