你好，我们是没有结婚证，有两个孩子。现在分居三年了，怎么离婚，一个男孩一个女孩

根据《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》“人民法院审理离婚案件，对子女抚养问题，应当依照《中华人民共和国婚姻法》第二十九条、第三十条及有关法律规定，从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况妥善解决。”的规定我们不难看出，法律对于认定离婚子女抚养权的归属和离婚子女抚养费的承担自1993年以来都系遵循“有利于子女身心健康，保障子女的合法权益”为原则和出发点，再结合“父母双方的抚养能力和抚养条件等”判定离婚子女抚养权的归属和离婚子女抚养费的承担。
夫妻双方只有把握好认定离婚子女抚养权的归属和离婚子女抚养费的承担的基本原则，才能在争取离婚子女抚养权的战争中获胜。

没有结婚证属于同居关系，对于同居关系所生的子女，属于非婚生子女。
《婚姻法》第36条规定规定了非婚生子女与婚生子女拥有同等的抚养权。在司法实践中，非婚生子女的抚养权依据以下方式确定：
1、两周岁以下的子女一般随母方生活。
母方有下列情形之一的，可随父方生活：
(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重性疾病、子女不宜与其共同生活的；
(2)有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；
(3)因其他原因，子女确无法随母方生活的。
2、对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的可予以优先考虑：
(1)已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；
(2)子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；
(3)无其他子女，而另一方有其他子女的；
(4)父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，祖父母或外祖父母有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父母生活的优先条件予以考虑；
(5)在有利于保护子女利益的前提下，父母双方协议轮流抚养子女的，可予以准许。
3、父母双方协议两周岁以下随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可以准许。

未婚生子的抚养权，并没有特别规定，实践上也是参照婚生子女抚养权的处理方式，可以参照最高人民法院《关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》的相关规定。
1、两周岁以下的子女，一般随母方生活。母方有下列情形之一的，可随父方生活：
（1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的；
（2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；
（3）因其他原因，子女确无法随母方生活的。
2、父母双方协议两周岁以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。
3、对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：
（1）已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；
（2）子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；
（3）无其他子女，而另一方有其他子女的；
（4）子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。
4、父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父或母生活的优先条件予以考虑。
5、父母双方对十周岁以上的未成年子女随父或随母生活发生争执的，应考虑该子女的意见。
6、在有利于保护子女利益的前提下，父母双方协议轮流抚养子女的，可予准许。