您好，我想咨询一下公司把底薪和加班费分两次发，但按用工资扣了个人所得税，算违法吗？

工资、薪金所得项目适用九级超额累进税率，根据月实际收入水平课税，对其进行税收筹划的方法主要有：
(1)工资、薪金福利化筹划。取得高薪是提高一个人消费水平的主要手段，但因为工资、薪金个人所得税的税率是累进的，当累进到一定程度，新增薪金带给纳税人的可支配现金将会逐步减少，所以，把纳税人现金性工资转为提供福利，照样可以增加其消费满足，却可少缴个人所得税。
比如，由企业员工提供住所、假期旅游津贴、福利设施等。
(2)纳税项目转换与选择的筹划。由于相同数额的工资、薪金所得与劳务报酬所得所适用的税率不同，因此利用税率的差异进行纳税筹划是节税的一个重要思路。
在某些情况下将工资、薪金所得与劳务报酬所得分开，而在有些情况下将工资、薪金所得合并就会节约税收。在特定情况下，需要将收入在工资、薪金与劳务报酬之间转换以节约纳税。
(3)利用“削山头”法进行筹划。对于适用于累进税率的纳税项目，应纳税的计税依据在各期分布越平均，越有利于节省纳税支出。利用“削山头”的方法，将纳税人的工资、薪金所得在各期进行分摊，可以起到降低边际税率、节约纳税的目的。

工资收入，扣除三险一金，减除3500元费用，适用超额累进税率纳税。按《个人所得税法》和国务院《个人所得税实施条例》规定，职工工资薪金所得，扣除应有个人缴纳的社会基本养老保险、失业保险费、医疗保险费和住房公积金，减除费用3500元后，适用超额累进税率，缴纳个人所得税。
职工应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数 = （扣除三险一金后月收入-扣除标准）×适用税率-速算扣除数。

应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数
应纳税所得额=扣除三险一金后月收入-扣除标准
个人所得税的征收方式可分为按月计征和按年计征。个体工商户的生产、经营所得，对企业事业单位的承包经营、承租经营所得，特定行业的工资、薪金所得，从中国境外取得的所得，实行按年计征应纳税额，其他所得应纳税额实行按月计征。