只签了入股协议并按协议投入股金但没有工商注册的股东可以代表工司起诉违规经营的股东吗？

你好，建议协商解决，协商不成的，可通过法律途径诉讼解决

股东代表诉讼以公司为主体诉讼。因为股东是以公司的名义起诉的。股份有限公司连续一百八十日以上单独或者合计持有公司百分之一以上股份的股东，在法定情形下可以提起股东代表诉讼。
法律依据：《公司法》第一百五十一条
董事、高级管理人员有本法第一百四十九条规定的情形的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续一百八十日以上单独或者合计持有公司百分之一以上股份的股东，可以书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼；监事有本法第一百四十九条规定的情形的，前述股东可以书面请求董事会或者不设董事会的有限责任公司的执行董事向人民法院提起诉讼。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

公司不承认股东享有股权可以依法向人民法院提起诉讼。股东应当以公司为被告，与案件争议股权有利害关系的人作为第三人。股东应当提供证据证明已经依法向公司出资，或者通过合法方式继受公司股权。
法律依据：
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定
（三）》第二十一条
当事人向人民法院起诉请求确认其股东资格的，应当以公司为被告，与案件争议股权有利害关系的人作为第三人参加诉讼。
第二十二条
当事人之间对股权归属发生争议，一方请求人民法院确认其享有股权的，应当证明以下事实之一：
（一）已经依法向公司出资或者认缴出资，且不违反法律法规强制性规定；
（二）已经受让或者以其他形式继受公司股权，且不违反法律法规强制性规定。