每周一开会半小时，打扫卫生2小时，不算加班时间，在工作时间以外打扫，开会点名，迟到扣钱，没来算旷工，这制度合理吗？

根据《劳动法》第41条规定，用人单位延长工作时间（即加班），应与劳动者协商。既然是协商，当然就应该就加班时间和加班报酬协商一致，否则就是强迫劳动。 　　只有四种情况不得拒绝加班：发生自然灾害、事故或因其他原因，使人民的安全健康和国家资财遭到严重威胁，需要紧急处理；生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，须及时抢修；须利用法定节日或公休假日的停产期间进行设备检修、保养；为完成国防紧急任务，或完成上级在国家计划外安排的其他紧急生产任务，以及商业、供销企业在旺季完成收购、运输、加工农副产品紧急任务。
　　除了这4种情况外，单位要求员工加班，必须与员工协商。单位采取不正当手段要求员工加班，员工可以拒绝。虽然在上述4种情况下，员工不得拒绝加班，但单位还是应该支付加班工资，加班工资必须按照劳动法第44条规定的标准支付。
拖欠或克扣劳动报酬或加班工资的，可以按《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第3条或《劳动合同法》第85条规定解决。不同的是前者可以直接主张，后者需要劳动部门责令后仍不支付才能主张。

未请假或者请假未被批准不上班算旷工，没有工资。

旷工，指非不可抗力，既不请假，或者请假未被批准而不出勤，是严重违反劳动纪律行为。旷工达到一定天数，构成严重违反用人单位规章制度的情形，用人单位可以解除合同，无需支付经济补偿金。

工资是用人单位依照法律法规规定和劳动合同约定，向劳动者支付的劳动报酬。职工旷工并未提供劳动，用人单位无需支付工资。相反，因为职工旷工造成用人单位损失的，应承担赔偿责任。
在一些单位，有规定旷工处罚工资的规定。

《劳动合同法》

第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（二）严重违反用人单位的规章制度的；

劳动部
《工资支付暂行规定》

第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度（1995年国务院将每周不超过44小时修改为每周不超过40小时）。”注意，这里的“每日”和“每周”是任何一日和任何一周都必须达到的，不能这周少于40小时，意味着下周可以超40小时。
因此公司安排员工加班时应当遵循上述标准进行安排。