公司在工资中扣了个税，但在地税查不到员工缴税记录，公司这样扣是属违法吗？

根据《劳动法》第九十八条、劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条、《违反〈中华人民共和国劳动法〉行政处罚办法》第六条和第十六条、《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》第二条和第三条关于
“用人单位违反本法规定的条件解除劳动合同或者故意拖延不订立劳动合同的，由劳动行政部门责令改正;
对劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任”。
“用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，除在规定时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬25%的经济补偿金”。
“用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资，侵害劳动者合法权益的，应责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可责令按相当于支付劳动者工资报酬、经济补偿总合的1至5倍支付劳动者赔偿金”。
“用人单位未按《劳动法》规定的条件解除劳动合同或者故意拖延不订立劳动合同，即招用后故意不按规定订立劳动合同，对劳动者造成损害的，应赔偿劳动者损失”
“造成劳动者工资收入损失的，按劳动者本人应得工资收入支付给劳动者，并加付应得工资收入25%的赔偿费用”等，根据上述有关规定，用人单位即使未与劳动者签定合同，也不能任意扣发劳动者工资。

个人所得税是调整征税机关与自然人(居民、非居民人)之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。

个人所得税的纳税义务人，既包括居民纳税义务人，也包括非居民纳税义务人。
居民纳税义务人负有完全纳税的义务，必须就其来源于中国境内、境外的全部所得缴纳个人所得税;而非居民纳税义务人仅就其来源于中国境内的所得，缴纳个人所得税。

个人所得税是国家对本国公民、居住在本国境内的个人的所得和境外个人来源于本国的所得征收的一种所得税。
在有些国家，个人所得税是主体税种，在财政收入中占较大比重，对经济亦有较大影响

员工在提供了正常的劳动以后，用人单位应当按劳动合同约定支付工资，不得随意克扣员工工资。随意克扣或者无故拖欠，以及拒不支付员工延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付员工的工资报酬外，还需加发相当于工资报酬25%的经济补偿金。
所谓“克扣”是指用人单位无正当理由扣减员工应得工资。但是用人单位可以在法律规定、合同约定以及依法制定的劳动纪律中有明确规定的情况下扣除员工的工资。
劳动者就相关情况申请劳动仲裁或者是向法院起诉。