公司从员工工资里扣出20%，作为该员工的绩效考核，这种做法合法吗？该如何维权？

公司盈亏扣员工工资明显违法，你可以申请劳动仲裁，维护自己的权益。
　　法律依据：
　　《工资支付暂行规定》第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。
工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
　　《劳动争议调解仲裁法》 第九条规定，用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬，或者拖欠工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应当依法处理。

公司不正当扣绩效工资(实际上是全公司变向降薪)的，可以向当地劳动局的劳动监察部门进行投诉，或向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。　　《劳动合同法》　　第八十条　用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。　　第八十五条　用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：　　
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；　　
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；　　
(三)安排加班不支付加班费的；　　
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。　　《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》　　第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

用人单位克扣工资，劳动者加油与用人单位协商，协商不成 到当地人力资源和社会保障局申请仲裁 参考 中华人民共和国劳动合同法 第八十五条　用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。