我们分开三年了，我要离婚，他不同意，我们不是一个地方的，但结婚证在我这边办的，现在我联系不上他不知道他在哪里，但两本结婚证在我这里，但我没有他的户口本跟他的身份证，

如果是去民政局办理离婚证，那么没有户口本是办不了的，因为协议离婚必须带上双方的身份证、结婚证、户口本和离婚协议书。那么没有户口本怎么离婚，这个时候您有两种办法解决：

1、申请补办户口本。本人写出户口丢失原因和申请补办报告，办理遗失申明(登报等);凭本人报告,遗失声明原件，单位证明或街道居委会证明到户口所在地公安机关申报补办手续。

2、到户籍部门开户籍证明。一般是去派出所开户籍证明，您可向申报户口登记地派出所户籍科提出书面申请报告并提供相应的证明材料，具体需要提供材料因各地政策有所不同。开好了户籍证明之后就可以拿着户籍证明、身份证和离婚协议书就去民政部门办理离婚手续了。
如果是去法院打离婚官司，那么没有户口本也是可以起诉离婚的，一般来说您只要带上离婚起诉书、结婚证、身份证、小孩的户口或出生证原件，如果有财产需要法院分割，还要带上财产相关证据，如房产证、机动车行驶证等，就可以起诉离婚了

首先补办户口本和结婚证，双方带齐身份证、户口本、结婚证、离婚协议书，两张近期免冠照片到当地民政局申请离婚登记。 法律依据： 《婚姻登记条例》第十条 内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。 　　中国公民同外国人在中国内地自愿离婚的，内地居民同香港居民、澳门居民、台湾居民、华侨在中国内地自愿离婚的，男女双方应当共同到内地居民常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。 　　第十一条 办理离婚登记的内地居民应当出具下列证件和证明材料： 　　
（一）本人的户口簿、身份证； 　　
（二）本人的结婚证； 　　
（三）双方当事人共同签署的离婚协议书。 　　办理离婚登记的香港居民、澳门居民、台湾居民、华侨、外国人除应当出具前款第
（二）项、第
（三）项规定的证件、证明材料外，香港居民、澳门居民、台湾居民还应当出具本人的有效通行证、身份证，华侨、外国人还应当出具本人的有效护照或者其他有效国际旅行证件。 　　离婚协议书应当载明双方当事人自愿离婚的意思表示以及对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的意见。

无影响。
仍然按照一般离婚财产分割程序走。
即1）婚姻存续期间一方取得的财产均属夫妻共同财产，夫妻共同财产和债务归夫妻共同所有和负担，一般是一人一半 。如果一方有过错，分割财产是可以少分或者不分，具体份额由法院裁定。
2）抚养权方面，要按照那一方的抚养对孩子成长有利原则，法院确定抚养权时会综合考虑孩子现在的生活状态、夫妻双方的工作收入及道德方面及孩子是否一直由一方父母在抚养等因素来判断。
2岁以下的小孩一般判给母亲抚养，10以上的孩子，要听取孩子的意见.没有扶养孩子一方应支付抚养费，抚养费一般是一方收入的20-30％。抚养费包括生活费 、教育费、医疗费等。