夫妻双方在婚姻存续期间写的孩子抚养权协议受法律保护吗？离婚时这个协议有效吗

夫妻双方签订的离婚协议，协议内容不违反法律规定的，具有法律效力，可以在离婚后或者法院诉讼时作为证据使用。但在没有办理离婚登记或者法院调解、判决离婚前，离婚协议中关于离婚的约定不发生法律效力。
双方仍是夫妻关系。

离婚协议书由双方当事人签字，并在婚姻登记机关存档的，即具有法律效力。
根据《婚姻登记工作规范》规定：
第五十六条　婚姻登记员受理离婚登记申请，应当按照下列程序进行：
（一）分开询问当事人的离婚意愿，以及对离婚协议内容的意愿，并进行笔录，笔录当事人阅后签名。
（二）查验本规范第五十五条规定的证件和材料。申请办理离婚登记的当事人有一本结婚证丢失的，当事人应当书面声明遗失，婚姻登记机关可以根据另一本结婚证办理离婚登记；申请办理离婚登记的当事人两本结婚证都丢失的，当事人应当书面声明结婚证遗失并提供加盖查档专用章的结婚登记档案复印件，婚姻登记机关可根据当事人提供的上述材料办理离婚登记。
（三）双方自愿离婚且对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的，双方填写《申请离婚登记声明书》；
《申请离婚登记声明书》中“声明人”一栏的签名必须由声明人在监誓人面前完成并按指纹；
婚姻登记员作监誓人并在监誓人一栏签名。
（四）夫妻双方应当在离婚协议上现场签名；婚姻登记员可以在离婚协议书上加盖“此件与存档件一致，涂改无效。XXXX婚姻登记处XX年XX月XX日”的长方形印章。协议书夫妻双方各一份，婚姻登记处存档一份。
当事人因离婚协议书遗失等原因，要求婚姻登记机关复印其离婚协议书的，按照《婚姻登记档案管理办法》的规定查阅婚姻登记档案。
离婚登记完成后，当事人要求更换离婚协议书或变更离婚协议内容的，婚姻登记机关不予受理。

双方可以协商,若不能达成一致的话，由法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：
1、已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；
2、子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；
3、无其他子女，而另一方有其他子女的；
4、子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。