我在农村没有土地证的荒地上建房，建房期间跟施工方发生合同纠纷，想到法院打官司。法院会认为我们的合同是违法合同吗

农村土地纠纷有很多种情况，由土地的性质、权属等等影响。那么，以如何处理农村土地承包纠纷为例：为认真做好土地承包纠纷工作，化解社会矛盾，建议各级党委、政府要做好以下几个方面的工作：
⑴充分发挥基层民调组织，乡村干部的工作积极性，把矛盾化解在基层，尽量减少上访和诉讼案件发生，确保社会稳定。
⑵利用各种媒体对乡村干部及群众宣传《土地承包法》相关知识，让他们学法、知法、用法，自觉遵守法律法规。
⑶县乡政府应加大对土地承包经营权的管理力度，县、乡政府要对土地承包问题采取有效措施，加强管理。
县、乡政府应对由本集体经济组织以外的单位或者个人承包的，应当对承包方的资信情况和经营能力进行审查后，再签订承包合同。严格按照《土地承包法》第48条之规定办事。即发包方将土地发包给本集体经济组织以外的单位或个人承包，应当事先经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报请乡(镇)人民政府批准，但在承包土地中有些村及个人未有严格按照《土地承包法》办事，造成纠纷之多。
县政府颁发承包经营权证落实不到位，也是造成土地承包纠纷的主要因素，如果权证落实到位，即使引发纠纷，各级政府处理时也有依有据，便于处理。如果权证落实到位，此类纠纷将大为减少。
⑷有关部门对土地纠纷案件要提前介入，做好前期工作。各级政府、乡村土地等部门要牵头联动，密切配合来处理此类纠纷，仅靠法院或土地管理部门来处理是远远不够的。
⑸法律的困惑，很难适应法律效果与社会效果的有机统一。
如梁庙乡小王庄村民组与本组出嫁女纠纷，群众明讲法院判的对，就是不给她地，法院判决是一张废纸，并且言词激烈，态度蛮横，法院处理两难境地，处理起来难度大。
⑹乡镇政府要切实加强农村土地承包管理，规范农村土地承包行为。
⑺司法机关和乡镇政府加强对农村基层调解组织的业务指导，强化基层调解，充分发挥基层调解组织在调解农村土地承包合同中的作用。
⑻强化农村法制宣传工作，提高农民的法律意识和法制观念，自觉守法、护法，自觉运用法律武器保护自身的合法权益，从而有效防止各种矛盾纠纷的发生。

审查合同的主体时，应审查签订合同的当事人是否是经过有关部门批准成立的法人或其他组织、自然人；审查法定代表人或主要负责人的资格证明；代订合同的，要审查是否具备委托人的授权委托证明，并审查是否在授权范围、授权期限内签订合同；有担保人的，审查担保人是否具备相应的担保能力和担保资格。审查合同的内容时，应当重点审查合同内容是否有导致合同无效的情形，如是否损害国家、集体或第三人的利益；是否有以合法形式掩盖非法目的；是否损害社会公共利益；是否违反法律、行政法规的强制性规定等内容。
另外还要特别注意合同的违约条款内容，合同纠纷的解决方式等内容。