经理体罚员工之后，员工按正常手续办理辞职，经理克扣其所有工资合法吗？员工要不要申请赔偿？

员工辞职流程：
1、员工原则上应提前30天将书面《辞职报告》交到人事行政部 ,并领取离职手续表。人事行政部对离职员工进行离职面谈, 了解其离职原因并做记录。
2、按照离职手续表办理相关手续(附表1) :
(1)离职员工将离职手续表交部门负责人签字。
部门主管以上岗位需经总经理签字。
(2)由离职员工所在部门的助理向离职员工收回工作证,员工手册 ,工作服 ,办公用品,确认上交无误后由助理签字确认 .
(3)由财务部检查离职员工与公司在财务上是否有拖欠(包括所借款项 ,出差报销 )，如有拖欠当场清还，无拖欠则由财务部在离职手续表上签字确认。
(4)离职员工在得到离职手续表上所有需要的签名后,人事行政部向员工出具"关于与XX解除劳动合同的决定"。
(5)人事行政部安排人员到失业保险经办机构办理终止、解除劳动关系备案手续;凭备案审核意见，到社会保险经办机构中止职工社会保险关系;同时封存离职员工的公积金。
如离职员工需要转移公积金则由人事行政部根据其所提供的新账户进行转移 ,如需取出则由员工自行办理。
(6)人事行政部在职工解除劳动关系之日起30日内，到失业保险经办机构办理失业保险待遇审核手续。
(7)人事行政部将离职员工的档案重新归档，同时结清工资。

克扣工资怎样按劳动法补偿和赔偿？由劳动监察责令限期支付，逾期不支付的，责令按克扣的额度加付50%至100%的赔偿金、
《劳动合同法》
第八十五条　用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
(三)安排加班不支付加班费的；
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

辞职后公司最后一个月工资中社会保险　会代扣到你社会在本企业的中止日期，如果没有中止交费则须代扣个人应缴纳的部分。
　　用人单位代扣代缴社保是公司提法定义务与责任，用人建立了社保关系则要按规定交缴纳个人应缴部分，否则会造成断交费问题，与劳动者是不利的。
　　同时，社保缴费都是公司缴费（大部分）＋个人缴费（小部分）来构成，从情理法理上最后一个月工资都应扣个人应缴费部分。在解除劳动合同关系时公司应出具解除合同证明给你，写明你的社保缴纳基本情况，截至月份等。