企业发工资时扣税，在申报纳税时不申报纳税怎么办？

目前个人所得税纳税申报分为：按月或按次申报，因此无论公司每个月发放几次工资，只要按税务机关核定的纳税申报方式进行申报纳税，即为合法。因此，只要公司在发工资前，已尽到相应的代扣代缴义务，就是合法的。
《个人所得税法》第十四条法律依据：《个人所得税法》第十四条
《个人所得税法》第十四条
扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。
纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税。

一、个税在哪里申报
1、个税在地税局申报。工资薪金所得税实行扣缴制，由企业在发放给职工前进行代扣代缴，先到地税局办理代扣代缴相关手续。发放工资前，由企业财务人员按照税法规定，核算出每个人的应纳税所得额，结果小于0的不纳税，大于0的根据个人所得税税率表进行计算。
2、法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条
纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。
纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
二、纳税人分几种
1、一般纳税人是年应征增值税销售额超过财政部规定的小规模纳税人的标准，会计核算健全，能够准确提供税务资料。属于一般纳税人的情形有工业企业的年销售收入超过50万；商业企业的年销售收入超过80万；
2、小规模纳税人是年应征增值税销售额在财政部规定的标准以下，会计核算不健全，不能准确提供税务资料。属于小规模纳税人的情形有工业企业的年销售收入未超过50万；商业企业的年销售收入未超过80万。

法律分析：纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，数额较大的，依照前款的规定处罚。
对多次实施前两款行为，未经处理的，按照累计数额计算。有第一款行为，经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款，缴纳滞纳金，已受行政处罚的，不予追究刑事责任；但是，五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予二次以上行政处罚的除外。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。