农村自建房有争议的,双方当事人首先应当进行协商,如不能协商一致或一方不愿协商,可以请村民委员会调解,调解不成的,权利人可以向有管辖权的人民法院起诉。法律依据:《中华人民共和国
民法典》第二百三十三条
物权受到侵害的,权利人可以通过和解、调解、
仲裁、诉讼等途径解决。
第二百三十四条
因物权的归属、内容发生争议的,利害关系人可以请求确认权利。
第二百三十五条
无权
占有不动产或者动产的,权利人可以请求返还原物。
第二百三十六条
妨害物权或者可能妨害物权的,权利人可以请求排除妨害或者消除危险。