强制执行行政机关如何处理逾期申请？

逾期申请执行有正当理由的应予立案执行，当事人在申请执行期限内，实际申请之前，达成协议规定履行届满日超过法定期限，若部分履行余下部分应予立案执行。而双方当事人在协议后未部分履行的，告知权利人持协议书另行起诉。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》 第二百二十六条 人民法院自收到申请执行书之日起超过六个月未执行的，申请执行人可以向上一级人民法院申请执行。上一级人民法院经审查，可以责令原人民法院在一定期限内执行，也可以决定由本院执行或者指令其他人民法院执行。

申请人逾期不起诉又不履行的行政机关可以申请人民法院强制执行。公民、法人或者其他组织若是对行政行为在法定期限内不提起诉讼又不履行的，行政机关可以申请人民法院强制执行，或者依法强制执行。
法律依据：《中华人民共和国行政诉讼法》第九十七条
公民、法人或者其他组织对行政行为在法定期限内不提起诉讼又不履行的，行政机关可以申请人民法院强制执行，或者依法强制执行。
《中华人民共和国行政强制法》第五十三条
当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不履行行政决定的，没有行政强制执行权的行政机关可以自期限届满之日起三个月内，依照本章规定申请人民法院强制执行。

行政处罚逾期未强制执行可以申请强制执行，因为行政处罚它是有一定的时效规定的，追究行政责任必须要给予处罚的一些时间方面的限制。法律依据：《行政处罚法》第二十九条规定，违法行为在两年内未被发现的，不再给予行政处罚。
法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算;违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。这是行政处罚法关于时效的规定。
行政处罚法中规定的时效是指，对违法行为人的违反行政管理秩序的行为追究行政责任、给予行政处罚的有效期限。
这一规定包括以下几层涵义：
1.在该违法行为发生后的两年内，对该违法行为有处罚权的行政机关未发现这一违反行政管理秩序的事实，在规定的两年超过后，无论在何时发现了这一违法事实，对当时的违法行为人不再给予行政处罚。
2.如果违反行政管理秩序的行为在行为发生的两年内已被行政机关发现，但违法行为人在两年内未被查获或者违法行为人逃避处罚，在两年后行政机关将其查获，仍应当依法给予行政处罚。
3.时效的规定期限是从违法行为发生之日起就开始计算的。“违法行为发生之日”是指违法行为完成或者停止之日。如，运输违禁品，在路途上用了五天时间，应当以最后一天将违禁品转交他人起开始计算追诉期限。
当事人逾期不履行行政处罚决定的，作出行政处罚决定的行政机关可以采取下列措施：
(一)到期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的百分之三加处罚款;
(二)根据法律规定，将查封、扣押的财物拍卖或者将冻结的存款划拨抵缴罚款;
(三)申请人民法院强制执行。