您好，9天公司辞退已缴纳社保，那公司缴纳的那部分应该从工资中扣除？

作为企业，对辞退的员工，只要在员工离职后次月为员工缴纳完在职期间的最后一次社保，直接从系统减员即可。不需要其他手续。
需要注意的是，在员工离职办理工资结算时，要将最后一个月社保的个人应负担部分扣除。
如离职员工需要社保停缴证明，可以出具该证明。

在被公司辞退之后，如果在公司的出勤已经满15天，那么用人单位在当月就要给员工缴纳社保，因此就算被公司辞退之后，当月的保险还是公司交，并且在次月开始暂停其社保缴费。另外很多公司的工资都是在下个月发，所以就算你在当月离职之后，公司在下个月也会给你缴纳这个月的保险。
严格的说只要员工在一个自然月内上过一天班，该月就要缴纳社保金，离职也是一样。由于社保和工资都是按月计算的，该员工在月底入职、在月头离职的可以简算为一个月，简算后仍有余日的，单位应该多缴纳一个月的社保金，当然员工也要按规定比例交。
法律依据：
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《中华人民共和国劳动合同法》
第七条 【劳动关系的建立】
用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。
《社会保险法》
第十条　
职工应当参加基本养老保险，由用人单位和职工共同缴纳基本养老保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加基本养老保险，由个人缴纳基本养老保险费。
公务员和参照公务员法管理的工作人员养老保险的办法由国务院规定。
第二十三条　
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。

中华人民共和国保险法规定公司应支付部分就算在离职的当月结束，及员工的社保公司就承办到离职的当月。之后，员工离职次月而公司停止为其缴交社保费用。如果员工应缴纳的部分已经被扣除了，那单位的部分还是得单位交。
不能从员工的工资里扣单位应交部分。