在专项扣除中选择(通过扣缴义务人申报)与(综合所得年度自行申报)有何不同？

还是有区别的，有大病医疗的，需要补税、退税，没有扣缴义务人的需自行申报，其余可通过扣缴义务人申报

【法律分析】：通过扣缴义务人申报、综合所得年度自行申报两种方式中任选一种，其实这两种申报方式主要区别还是在于申报对象不同，具体如下：
1、通过扣缴义务人申报：这种指的是向单位申报个人信息，每个月税务机关会把专项附加扣除相关信息全量推送至单位，单位可以从代扣缴软件获取员工已经报送的专项附加扣除信息，并从中计算出员工应预扣预缴的税款，再向税务机关办理全员全额纳税申报。
2、综合所得年度自行申报：这种指的是直接向税务机关申报，即每个月单位发放工资时正常扣税，然后由纳税人自己在第二年去税务机关办理汇算清缴，并将有关信息提供给税务机关，让税务部门其办理退税。
【法律依据：：《中华人民共和国企业所得税法》 第一条 在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织（以下统称企业）为企业所得税的纳税人，依照本法的规定缴纳企业所得税。个人独资企业、合伙企业不适用本法。
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通过扣缴义务人申报和综合所得年度自行申报区别区别在于:通过扣缴义务人申报的，意味着通过公司来代扣，适合上班族，选择这项后单位会获得你的申报信息，帮你申报帮你代扣，年终不需要再进行核算和申报，对于上班族来说比较省事。综合所得指的是工资薪金所得、劳务费收入所得、稿酬所得、特许权使用费所得四项收入合一的综合收入，这种方式预扣预缴的税率非常高。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第十四条扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。
纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税。