我想问一下，为什么工资在5000以下，有的只有两三千，为什么要扣除个人所得税？

你好，一般情况，个人所得税是单位统一缴纳的，也就是单位统一从员工工资里扣除个人所得是，到税务部门统一缴纳的。但有时候税务系统出问题亦或是单位财务出了差错，个人所得税就需要员工本人去缴纳。

公司发工资超过5000就会扣税的原因：个人的工资收入的起征点是5000元。私人转帐超过5000就不会扣税的原因：转帐和工资收入是两回事，不能同等看待。
税指国家向企业或集体、个人征收的货币或实物：税收、税额、税款、税率、税法、税制、税务等。
税（又称税赋、税金、税收、赋税、税捐、捐税、租税）指政府为了维持其运转以及为社会提供公共服务，对个人和法人强制和无偿征收实物或货币的总称。各国各地区税法不同，税收制度也不同，分类也不同，概念不尽一样。
税的中文称呼，在中国各个朝代、各个中文地区对税的称呼也有差异。
税制即指税收制度，由纳税人、课税对象、税目、税率、纳税环节、纳税期限、计税依据、减免税和违章处理等要素构成；税种指税的种类，差异表现为纳税人和课税对象的不同，税种总合构成“税制”。
税收的基本特点：强制性，无偿性，固定性（对于税法而言）。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。

如果劳动者的工资不到5000，不要申报扣除，因为根据《个人所得税法》，工资范围在1-5000元之间的，包括5000元，适用个人所得税税率为0%，也就是不用交税。超过5000的，以每月收入额减除费用5000元后的余额为应纳税所得额。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第三条
个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。