土地确权证已发放，但房屋发生纠纷怎么办？

土地纠纷，由当事人协商解决。协商不成的，可由土地行政主管部门进行行政调处。当事人对行政调处不服的，可以以对方当事人为被告提起民事诉讼；当事人也可不经行政调处直接提起民事诉讼。

法律分析：可以向县级以上人民政府或者乡级人民政府提出处理申请，也可以向当地土地管理部门申请解决。法律依据：《土地权属争议调查处理办法》第九条：当事人发生土地权属争议，经协商不能解决的;可以依法向县级以上人民政府或者乡级人民政府提出处理申请，也可以依照本办法第
五、
六、
七、八条的规定，向有关的国土资源行政主管部门提出调查处理申请。
《土地权属争议调查处理办法第十条：申请调查处理土地权属争议的，应当符合下列条件：
（一）申请人与争议的土地有直接利害关系；
（二）有明确的请求处理对象、具体的处理请求和事实根据。

房产存在纠纷一般不影响土地证的办理。申请人应当持申请书、身份证、户口本和土地权属来源证明到国土资源所申请，由国土资源所派员实地勘测，四邻指界，完善各种资料后，报国土资源局进行登记发证。
《土地管理法实施条例》第三条国家依法对土地实行登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。《民法典》第二百一十条不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。第二百一十一条当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。
法律依据：《土地管理法实施条例》第三条国家依法对土地实行登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。《民法典》第二百一十条不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。第二百一十一条当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。
《土地管理法实施条例》第三条国家依法对土地实行登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。《民法典》第二百一十条不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。第二百一十一条当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。